三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入第一池依次顺流到第三池。中间由过粪管联通，主要是利用厌氧发酵、中层过粪和寄生虫卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，粪便在池内经过 30天以上的发酵分解，中层粪液依次由1池流至3池，以达到沉淀或杀灭粪便中寄生虫卵和肠道致病菌的目的，第3池粪液成为优质化肥。

三格化粪池分为三大部分，为隔舱板上下错层设计，污水环流式流动，污水处理能力比同等容积的传统化粪池至少提高二倍以上。
一、沉淀腐化区
对生活污水进行沉淀，比重大的物质沉入池底进行化粪处理，比重小的部分浮于水面上层，可从清理口捞出，同时废水产生化粪作用，使一部分结构复杂的难分解的有机物被降解为易分解的物质。
二、隔板区
将直流水转成环流水，增加污水在池体内的滞留时间，使污水在池内与沉淀污泥的接触时间更长，产生更多的微生物，对污水进行分解吞食。
三、过滤器处理区
采用国内外先进的生物膜法处理技术，经过一定时间培育，大量微生物在过滤器表面繁殖形成生物膜，污水与过滤器表面的生物膜接触，有机物被微生物截留、吸附和分解，实现对污水净化处理。