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近年来，虽然安徽省的循环经济发展已经取得不错的成效，但也存在一些实际困难和障碍，主要表现在以下几方面：
一、对循环经济的理念及其重要性认识不足
错误的认识主要表现为两方面：一方面是，在片面追求GDP的发展观的影响下，一些部门和地方领导人对我国经济发展和资源、环境约束的矛盾缺乏全局观念和忧患意识，往往迫于地方就业和社会稳定的压力，在面临“要经济增长速度还是要转变经济增长方式”的问题上，仍以外延式的经济增长为首选，例如，一些机构认为发展循环经济不符合省情，为时过早，认为安徽是一个经济欠发达地区，按照循环经济要求发展经济必然增加企业成本和负担，会导致企业效益下滑甚至倒闭；一些企业没有认识到清洁生产的重要性，则仍然坚持末端治理，因为治理的成本比较高，在相当程度上抵消了经济收益，却没有意识到清洁生产所带来的长远效益；另一方面是，有些机构或者企业则片面的认为循环经济仅限于企业的清洁生产，或保护环境，不了解循环经济的多层次多环节的特点，缺乏对整个生态系统工程的全面了解。可见，社会各层面对循环经济的理念、在现阶段发展循环经济重要性和紧迫性尚缺乏足够的认识，而这些认识不足，直接导致经济建设的主体对其不够重视，落实不到位，如果不及时提高对循环经济的理念及其重要性的认识，循环经济工作的全面、深入开展将难以实现。
二、循环经济发展的资金短缺
循环经济发展，涉及到制度改革、项目研发、技术创新、试点工程等方方面面的工作，需要大量的资金投入作为保障，而由于缺乏健全有效的投融资体系，安徽省的循环经济发展资金短缺的矛盾比较突出。第一，从财力方面来看，安徽省经济发展水平相对偏低，财政实力并不强，财政支持经济建设的能力相对较弱，而能投入到循环经济中的资金则更是有限。即使安徽省设立了循环经济省级财政专项启动资金，但毕竟资金有限，也难以满足日益扩增的各类循环经济项目，难以满足循环经济快速发展的需求，甚至多数县市循环经济投入仍处于“空白”状态；第二，从企业、农村自身方面来看，绝大多数企业尤其是中小企业正处于成长阶段，资金积累不足，融资渠道不畅，其发展都受资金不足的困扰，更难以顾及循环经济的发展了。而对于农村而言，经济本来就很薄弱，在现有的条件下，更多的是依赖政府的资金支持；第三，资金来源单一。目前安徽省循环经济发展的资金主要来源是政府，而这种单一的投资渠道，且投融资主体倒置，缺乏金融机构、资本市场等社会资金的支持，而现实中的各类循环经济项目投资持续增加，政府的投资却迅速萎缩，目前的资金来源则难以满足循环经济的快速发展；第四，由于政策倾斜力度不够，激励机制不完善等原因，致使部分有实力的企业在循环经济方面的投资不够积极，或者是按照要求进行了相关设施的建设，但没有真正运转；同时也无法吸引其他投融资主体，实现多元化的投融资体制。2005年，安徽省环境污染治理投资相当于GDP的比例为1.1%，低于全国1.3%的平均水平；主要污染物排放量虽得到一定控制，但仍呈上升趋势，生态环保压力不断加大。
三、尚未形成足以支撑循环经济发展的技术体系
发展循环经济，必须依靠科学技术尤其是高新技术的支撑，它是循环经济发展的关键力量。尤其是需要一大批专业人才以及成熟的节能技术、清洁生产技术、废旧原料再生技术和污染治理技术等等作为支撑。虽然安徽省一直以来非常重视科研以及技术创新,但是相对其他地区尤其是东部发达地区,目前安徽省的循环经济技术体系现状不容乐观,还尚未形成足以支撑全省循环经济发展的技术体系。其主要原因包括两方面：一方面是由于安徽省经济发展水平低，科技投入显得“力不从心”。2006年全省R&D投入仅相当于GDP的0.9%，低于全国及东部经济发达地区水平，技术创新成果远远满足不了循环经济的发展要求；另一方面是由于大多数企业多处于成长阶段，同时又得不到充分的“补给”，研发能力十分薄弱，而这些企业正是自主创新的主体，其创新成绩必然会落后于发达地区。2004年安徽省工业企业R&D投入强度仅为0.6%，基本处于技术引进与应用层次，一些技术含量高及关键设备基本依赖进口，部分企业仍停留在仿制的低级阶段，甚至大量中小企业仍以牺牲环境为代价发展经济。
四、发展循环经济的政策与机制不够完善
发展循环经济是一项系统工程，它需要政府推动、技术支撑、市场驱动和公众参与等方方面面的协同推进，给予符合循环经济要求的生产者及其技术和产品以最大限度的政策支持，包括对节能、节水产品的税收优惠政策，对生态环境要素的定价和有偿使用制度，生产者责任延伸制度，消费者责任等。目前促进循环经济发展的政策和体制机制尚未形成，一些符合循环经济发展要求的项目，尤其是社会效益突出的项目，在企业难以得到相关方面支持、预期经济效益难以实现的情况下，发展循环经济方面的动力就会减弱，就会又回到传统的生产模式或以传统模式为主的状态。
